Для деяких людей корисними виявляються зміни в дієті. Рекомендують відмовитися від кофеїну та алкоголю, обмежити вживання жирної їжі, продуктів, що викликають газоутворення - капусти, гороху і т.п. Також необхідні регулярні інтенсивні фізичні навантаження, які пом'якшують симптоми захворювання.

Багато дослідників в даний час вважають, що при синдромі роздратованого кишечника порушується правильне взаємодія мозку та внутрішніх органів. Тому при лікуванні захворювання ефективні різні психологічні методи. Якщо синдром роздратованого кишечника провокується стресом, то полегшення приносять розслаблюючі техніки (медитація, йога і т.п.). Крім того, в боротьбі із захворюванням важливу роль відіграє психотерапія. Найбільш дієвими при цьому є когнітивно-поведінкова психотерапія та гіпноз.

Медикаментозні засоби лікування синдрому роздратованого кишечника спрямовані на симптоми, які доставляють пацієнтові найбільший дискомфорт. Це антиспазматичні, антидиарейні або проносні препарати. Для лікування синдрому роздратованого кишечника ефективні також низькі дози трициклічних антидепресантів. Крім того, згідно з деякими дослідженнями, полегшення приносять прийом пробіотиків (препаратів, що містять корисні мікроорганізми) і олії м'яти перцевої, яке знімає спазми в кишечнику.