Зазвичай антибіотикотерапію починають відразу після постановки діагнозу, не чекаючи результатів бактеріологічного посіву. У першу чергу призначають напівсинтетичні пеніциліни (ампіцилін, ампіокс, оксацилін), які активні щодо кишкової палички - основної причини гострих інфекцій сечовидільної системи (до 80%).

Коли ж бактеріальний посів готовий, схему лікування при необхідності корегують. Бактеріальний посів визначає збудника захворювання, а також його чутливість до антибіотиків. Це дозволяє вибрати більш вузьконаправлений препарат, який має менше побічних ефектів. Лікування пієлонефриту зазвичай триває 7-14 днів. За цей час зникають симптоми захворювання.

Після чого призначається профілактичний курс лікування, який включає в себе 2 - або 3-місячний прийом нитрофуранов, препаратів налідиксової кислоти і фітотерапію. При лікуванні пієлонефриту дуже важливо дотримувати правильну дієту. Необхідно відмовитися від кави, алкоголю, гострої та солоної їжі, обмежити вживання жирних і смажених страв.

Лікування хронічного пієлонефриту в період загострення не відрізняється від лікування гострої форми. Після цього терапія хронічного пієлонефриту повинна бути спрямована на попередження рецидивів. Пацієнтам з хронічним перебігом захворювання в період ремісії може бути рекомендовано санаторно-курортне лікування (наприклад, мінеральні води Трускавця).

У рідкісних випадках пієлонефрит призводить до утворення абсцесу в нирках, який необхідно видалити хірургічним шляхом. Найчастіше для цього використовується процедура під назвою чрезкожная пункційна нефростомія. Під контролем УЗД в абсцес вводиться катетер через розріз у шкірі на спині.