Основний спосіб діагностики стафілокока - це бактеріальний посів. В залежності від локалізації захворювання для аналізу використовується кров, сеча, харкотиння, грудне молоко, вміст фурункулів, ран і т.д. При підозрі на надмірне розмноження стафілокока в кишечнику проводять аналіз калу на дисбактеріоз . Він показує кількість не тільки стафілокока, а й інших представників кишкової мікрофлори. У вагітних жінок для бактеріального посіву беруть мазок з носа і горла.
При проведенні аналізу необхідно одночасно визначити чутливість бактерії до антибіотиків, що дозволить вибрати ефективний препарат для лікування. Наявність стафілокока в результатах бактеріального посіву не завжди є показанням для лікування. У 20% населення виявляється безсимптомне носійство. Рішення про необхідність лікування повинен приймати лікар залежно від проявів хвороби і кількості стафілокока в організмі.