При діагностиці простатиту широко використовуються лабораторні методи. При бактеріальному простатиті в секреті передміхурової залози, отриманому після масажу простати, при подальшому аналізі виявляється підвищення кількості лейкоцитів (більше 10 в полі зору). Невелика кількість простатичних виділень висівається на живильному середовищі для визначення збудника захворювання. При цьому можливо визначити чутливість бактерії до антибіотиків, що дозволить вибрати правильний препарат для лікування.

Також застосовуються різні види аналізів сечі. Вони включають в себе підрахунок лейкоцитів у першій порції сечі; підрахунок лейкоцитів в сечі після масажу передміхурової залози; бактеріологічне дослідження сечі після масажу передміхурової залози. При простатиті концентрація лейкоцитів і бактерій у сечі після масажу передміхурової залози набагато більше, ніж у першій порції сечі.

Оскільки в деяких випадках простатит може бути викликаний інфекцією сечівника, лікар може призначити аналіз мазка з уретри. У лабораторії визначають кількість лейкоцитів в полі зору, а також перевіряють наявність збудників захворювань, що передаються статевим шляхом (хламідії, гонококи і т.п.). Також при діагностиці простатитів використовують трансректальне УЗД, яке дозволяє визначити наявність каменів в передміхуровій залозі, абсцесів і пухлин.