У легких випадках хвороби Крона достатньо призначення антидиарейні препаратів. Для лікування захворювання використовують саліцилати (сульфасалазин, месалазин), антибіотики (ципрофлоксацин і метронідазол), кортикостероїди (преднізолон), імунодепресанти (азатіоприн, метотрексат). Схему лікування підбирають для кожного пацієнта індивідуально. Це дозволяє продовжити період ремісії. Загострення хвороби Крона зазвичай лікується внутрішньовенним введенням кортикостероїдів.

Хірургічне втручання необхідне в разі розвитку ускладнень захворювання. Сама по собі операція не може вилікувати від хвороби Крона. Звичайно проводиться видалення частини ураженого кишечника або розширення його звуженої частини. Але після проведення операції, патологічні процеси можуть початися на іншій частині кишки. У складних випадках здійснюють ілеостомія, при якій видаляється товста і пряма кишка, а тонкий кишечник з'єднується з отвором в черевній стінці, через яке виводяться калові маси.