Рідше зустрічається запалення прямої кишки і глотки (інфікування в результаті анального і орального сексу). Гонококки також можуть вразити кон'юнктиву (в даному випадку захворювання називається бленнореей). В деяких випадку гонококова інфекція може поширитися на інші частини тіла, такі як суглоби, шкіра, серце і кров. Хвора гонореєю жінка може заразити свою дитину під час пологів. У новонароджених гонококи можуть викликати менінгіт, сепсис, арттріт, бленореї.

У чоловіків запалення найчастіше розвивається в уретрі, а у жінок - в уретрі і цервікальному каналі. При своєчасному лікуванні гонорея не викликає серйозних проблем. Але без лікування захворювання призводить до небезпечних ускладнень. У жінок інфекція може поширитися на матку, фаллопієві труби і яєчники. Це в свою чергу може привести до безпліддя або позаматкової вагітності. У чоловіків гонорея може привести до простатиту і епідидиміту. Крім того, вона підвищує ризик розвитку раку сечового міхура.

Інкубаційний період захворювання складає 2-5 днів. Але в деяких випадках симптоми виникають тільки через 30 днів після інфікування. У багатьох людей гонорея протікає безсимптомно, тому вони можуть заражати своїх статевих партнерів, не знаючи про це. Безсимптомна гонорея частіше зустрічається у жінок. Саме тому вони рідше звертаються до лікаря, і у них частіше розвиваються ускладнення. У чоловіків прояви захворювання зазвичай більш відчутні. Основні симптоми гонореї - це біль під час сечовипускання і ненормальні виділення з пеніса або піхви. Коли інфекція вражає органи малого тазу у жінок, виникає біль у животі, вагінальна кровотеча і підвищення температури.