Но никто не спорит с тем, что роль микрофлоры кишечника очень важна. Суммарный вес микроорганизмов, населяющий организм человека, составляет около 2 кг. Микрофлора представлена более 400 видами бактерий. Она обеспечивает нормальный газообмен в кишечнике, способствует обновлению клеток его слизистой оболочки, синтезирует витамины, повышает активность кишечных ферментов, очищает организм от токсинов, стимулирует работу лимфоидных клеток кишечника, которые продуцируют вещества, защищающие от инфекций, и т.д. Состав микрофлоры каждого человека уникален. При этом он меняется в зависимости от возраста, времени года, характера питания. Поэтому судить о том, какая микрофлора является «нормальной» довольно сложно.  

Ребенок рождается со стерильным кишечником, который заселяется микроорганизмами в первые часы и дни его жизни. С этого момента начинается взаимная адаптация организма и бактерий, в результате которой формируется экосистема, в будущем непригодная для колонизации новыми микроорганизмами.  Микрофлора у детей на искусственном и грудном вскармливании обладает своими особенностями. У младенцев на грудном вскармливании присутствует больше бифидобактерий, поскольку грудное молоко содержит вещество, стимулирующее их размножение. У взрослого человека в кишечнике обитают бифидобактерии, лактобактерии, кишечные палочки, бактероиды, энтерококки и т.д. Сообщество микроорганизмов в кишечнике довольно устойчиво, и при устранении дестабилизирующего фактора, быстро восстанавливается.

Дисбактериоз кишечника вызывают заболевания желудочно-кишечного тракта (колит, панкреатит, холецистит, гастрит, гепатит и др.), прием антибиотиков, длительная гормонотерапия, кишечные инфекции и другие факторы. Полезные бактерии гибнут, если рацион человека беден растительными волокнами, которые содержатся в овощах, фруктах и зерновых. Считается, что дисбактериоз вызывает вздутие и боли в животе, диареи и запоры, отсутствие аппетита, слабость. Но за этими симптомами часто скрываются другие причины, такие как синдром раздраженного толстого кишечника или лактазная недостаточность.