Діагноз коліту встановлюється на підставі оцінки клінічних проявів хвороби і різних методів дослідження пацієнта:
мікроскопічне дослідження калових мас (дозволяє виявити наявність яєць
кишкових паразитів, патогенних бактерій, найпростіших, а також дослідити
бактеріальні культури);
ендоскопічне дослідження (показує величину набряклості ураженої ділянки
слизової товстої кишки, наявність підслизових крововиливів);
колоноскопія (в 90% випадків дозволяє зробити огляд на всьому протязі кишки, візуально оцінивши стан її слизової оболонки);
ректороманоскопія (визначає набряк і гіперемію слизової, наявність
гною, ерозій, крововиливів і слизу на стінках кишки, а в більш важких
випадках - наявність гною, ерозій або крововиливів).