Для визначення інфекції спочатку проводять імунологічне дослідження, при якому визначають антитіла до вірусу (ІФА - імуноферментний аналіз). Для кожного типу вірусу необхідно виконати окремий аналіз. Це перша стадія діагностики, на якій відсікаються люди, ніколи не хворіли на гепатит. Якщо ж антитіла до вірусу виявлені, це вказує на те, що людина хвора на даний час або переніс хворобу в минулому. У такому випадку призначається додаткове генетичне дослідження (ПЛР).

Антитіла, що визначаються при ІФА, бувають двох видів - IgG і IgM. Антитіла IgM вказують на те, що інфікування відбулося 4-6 тижнів тому. Після завершення гострого процесу їх концентрація знижується. IgG з'являються з 11-12 тижні після інфікування, досягають максимуму до 5-6 місяця і можуть зберігатися в організмі протягом тривалого часу. Аналіз ІФА може в деяких випадках давати хибно позитивні результати, рідше - хибнонегативні.

Метод якісної ПЛР (полімеразної ланцюгової реакції) дозволяє визначити присутність вірусу в організмі. ПЛР підтверджує та уточнює діагноз, поставлений за допомогою ІФА. Аналіз володіє високою точністю, але коштує дорожче, ніж імунологічні дослідження. Якщо вірус виявлений, необхідно оцінити його кількість - вірусне навантаження. Це робиться за допомогою кількісної ПЛР. Чим вище концентрація вірусу, тим вище ризик передати вірус, наприклад, при статевих контактах. По-друге, концентрація вірусу впливає на ефективність лікування. Низька вірусне навантаження дозволяє дати сприятливий прогноз терапії. У деяких випадках для правильного підбору лікування необхідно встановити генотип вірусу - провести генотипування.