На дисбактеріоз вказує зниження вмісту біфідобактерій і лактобацил на 1-2 порядки, наростання кількості умовно мікроорганізмів одного або кількох видів при нормальному або зниженому кількості біфідобактерій, наростання концентрації кишкових паличок зі зміненими властивостями, зниження кількості або надмірне наростання нормальних кишкових паличок. Кал для аналізу збирають у спеціальний стерильний контейнер шпателем, прикріпленим до його кришечці. Контейнер можна заздалегідь отримати в лабораторії. Аналіз необхідно доставити на дослідження не пізніше, ніж через 3 години після збору.

Недолік методу полягає в тому, що він може визначити мікроорганізми, що містяться тільки в кінцевому відділі товстої кишки. У той час як процес травлення в основному відбувається в тонкому кишечнику. Крім того, аналіз відображає мікроорганізми просвіту кишечника, а не пристеночную мікрофлору, яка більш важлива для нормального функціонування організму. Вищесказане можна підсумувати таким чином: мікроорганізми в калі і мікроорганізми кишечника - це зовсім різні речі.

Крім того, результати аналізу на дисбактеріоз нестабільні - дослідження різних порцій калу в різних лабораторіях не дає однакових показників. Інформативність дослідження знижує також те, що воно оцінює тільки близько десятка видів бактерій, у той час як у кишечнику їх мешкає кілька сотень. Треба ще зазначити, що поки зразок калу доставляється в лабораторію, мікроорганізми в ньому продовжують активно розмножуватися, і з кожною годиною їх співвідношення все більше відрізняється від початкового.