Діагностика бородавок в більшості випадків не викликає особливих труднощів і грунтується на клінічній картині. Однак вони можуть маскуватися під інші хвороби шкіри. Наприклад, підошовні бородавки не завжди просто відрізнити від мозолі. У той же час є небезпека прийняти грізну пухлина шкіри за нешкідливу бородавку.
Тому, при виникненні спірних питань, лікар-дерматолог може провести додаткові дослідження, в тому числі біопсію.